วันอาทิตย์ที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2555

ภาระงานที่ 4

       การตัดและเชื่อมต่อสายดีเอ็นเอเป็น DNA สายผสมนั้นไม่เพียงพอที่จะสามารถนำไปประยุกต์ใช้ได้ แต่ยังต้องมีวิธีการที่จะสามารถดำรง DNA สายผสมให้คงอยู่ และเพิ่มจำนวนเพื่อใช้ในการศึกษาว่า สาย DNA เหล่านั้นควบคุมการสร้างโปรตีนชนิดใดและศึกษาว่า DNA มียีนอะไรบ้าง สิ่งที่จำเป็นคือจะต้องเพิ่มจำนวน DNA ในบริเวณดังกล่าวให้มากพอที่จะศึกษาได้ การเพิ่มจำนวนของ DNA ที่เหมือน ๆ กันนั้นเรียกว่า การโคลนดีเอ็นเอ (DNAcloning) และหาก DNA บริเวณดังกล่าวเป็นยีน ก็อาจเรียกว่า การโคลนยีน (genecloning)

 
การโคลนยีนโดยอาศัยพลาสมิดของแบคทีเรีย        การโคลนยีนวิธีหนึ่งที่เป็นที่นิยมกัน คือ อาศัยวิธีการเพิ่มจำนวนชุดของ DNAในพลาสมิด (plasmid) ของแบคทีเรีย ซึ่งถือว่าเป็น DNA พาหะ (vector) สำหรับการโคลน DNA อย่างหนึ่งในแบคทีเรีย 1 เซลล์ อาจมีพลาสมิด 1 ถึง 300 ชุด เมื่อนำเซลล์แบคทีเรียไปเลี้ยงเพื่อเพิ่มจำนวน ชุดของพลาสมิดก็จะเพิ่มขึ้นด้วย ซึ่งสาวนของ DNA ที่ต้องการที่แทรกไวในพลาสมิด ก็จะเพิ่มขึ้นตามโดยปริยาย หากส่วนของ DNA ที่แทรกไว้เป็นยีนก็อาจนำไปใช้ประโยชน์ต่อไป



                                                                 ภาพที่1การโคลนDNA

                                             ที่มา:http://www.thaigoodview.com/node/32117


การโคลนยีนในหลอดทดลองโดยเทคนิค พอลิเมอเรสเชนรีแอกชัน หรือพีซีอาร์
        นอกจากการเพิ่มส่วนของ DNA โดยการแทรกส่วนของ DNA ดังกล่าวไว้ในพลาสมิดแล้ว ในปัจจุบันยังสามารถเพิ่มส่วนของ DNA ได้ในหลอดทดลองโดยไม่ต้องอาศัยเซลล์ใด ๆ อีกด้วย ในการใช้เทคนิคนี้ปัจจุบันอาศัยเครื่องมือที่เรียกว่า เทอมอไซเคลอร์ (thermocycler) ซึ่งเป็นเครื่องมือควบคุมอุณหภูมิให้ปรับเปลี่ยนตามกำหนดเวลาที่ตั้งไว้        ในการโคลนยีนโดยอาศัยเทคนิคพอลิเมอเรสเชนรีแอกชัน (polymerase chain reaction :PCR) ต้องอาศัยเอนไซม์ DNA พอลิเมอเรสชนิดพิเศษซึ่งสามารถทนอุณหภูมิสูงได้ เอนไซม์ชนิดนี้แยกมาจากแบคทีเรียทนร้อนซึ่งขึ้นอยู่ในน้ำพุร้อน
ปฏิกิริยาในหลอดทดลองต้องใช้1.
 DNA แม่แบบ ซึ่งเป็นส่วนของ DNA ที่ต้องการโคลน
2.
 ไพรเมอร์ (primer) เป็น DNA สายสั้น ๆ ที่จะเกาะกับส่วนของ DNA ที่ต้องการ เพื่อเป็นจุดเริ่มต้นของการสร้างสาย DNA
3.
 นิวคลีโอไทด์ทั้ง 4 ชนิด
4.
 DNA พอริเมอเรส        สารทั้งหมดนี้จะละลายอยู่ในสารละลายบัพเฟอร์ เพื่อควบคุมให้เกิดภาวะที่เหมาะสมต่อปฏิกิริยา การ
         เกิดปฏิกิริยาในหลอดทดลองจะเริ่มจากการเพิ่มอุณหภูมิให้สูง จนสาย
DNA แม่แบบที่เป็น DNA สายคู่แยกออกเป็น DNA สายเดี่ยว จากนั้นจะลดอุณหภูมิลงเพื่อให้เกิดการจับกันระหว่างไพรเมอร์ และสาย DNA แม่แบบด้วยพันธะไฮโดรเจน จากนันปรับอุณหภูมิให้เหมาะสมต่อการทำงานของเอนไซม์ DNA พอลิเมอเรส เพื่อให้เกิดการจำลองสาย DNAโดยอาศัยสาย DNA แม่แบบ จากนั้นเพิ่มอุณหภูมิให้สูงขึ้นอีกครั้งเพื่อแยก DNA สายคู่ที่เกิดขึ้นในปฏิกิริยารอบที่ 1 ออกจากกัน แล้วดำเนินกิจกรรมเช่นเดิม ทำเช่นนี้ซ้ำหลาย ๆ รอบ ก็จะได้โมเลกุลของส่วน DNA ที่ต้องการเป็นจำนวนมาก

                                  ภาพที่2การสร้างสายDNA พอลิเมอเรส เชน รีแอกชัน  (PCR)
                                        ที่มา:http://fws.cc/udontham/index.php?topic=126.0

          เทคนิค PCR นี้สามารถเพิ่มจำนวนโมเลกุล DNA ที่ต้องการจาก DNA แม่พิมพ์ปริมาณน้อย ให้มีปริมาณมากขึ้นในเวลาอันรวดเร็ว แต่อย่างไรก็ดีเทคนิคนี้ไม่สามารถทดแทนการโคลนยีนโดยอาศัยเซลล์แบคทีเรียในกรณีที่ต้องการยีนปริมาณมาก รวมทั้งในกรณีที่ต้องการให้ยีนดังกล่าวเกิดการแสดงออก เช่น ในการสร้างโปรตีนที่ต้องการ นอกจากนี้การเพิ่มชุดของ DNA ด้วยวิธีนี้อาจมีความผิดพลาดเกิดขึ้น เนื่องจากเอนไซม์ที่ใช้ในปฏิกิริยาบางชนิดไม่มีการทำงาน ที่เป็นการตรวจสอบความถูกต้องของลำดับนิวคลีโอไทด์ของ DNA ที่สร้างขึ้นเหมือนกับระบบในสิ่งมีชีวิต        อย่างไรก็ดีได้มีการนำเทคนิคนี้มาประยุกต์ใช้อย่างกว้างขวางตั้งแต่การโคลนยีนของตัวอย่างที่มี DNA ปริมาณน้อยให้มีปริมาณมากพอ แล้วจึงนำมาโคลนโดยอาศัยพลาสมิด เช่นการเพิ่มปริมาณ DNA จากซากของวอลลี่ แมมมอธ (wolly mammoth) ซึ่งสูญพันธุ์แล้ว แต่ถูกแช่แข็งไว้ที่ไซบีเรียเมื่อสี่หมื่นปีก่อน ทำให้มีโอกาสศึกษาเชิงวิวัฒนาการในสิ่งมีชีวิตที่สูญพันธุ์ไปแล้ว การตรวจสอบ DNA ปริมาณน้อย ที่ติดอยู่ตามคราบเลือด เนื้อเยื่อ หรือน้ำอสุจิที่พบในอาชญากรรมต่าง ๆ ซึ่งเป็นประโยชน์ต่อการสืบสวนของกระบวนการยุติธรรม ตลอดจนการตรวจสอบ DNA จากเซลล์ของเอ็มบริโอในครรภ์ ว่ามีความผิดปกติทางพันธุกรรมหรือไม่ รวมทั้งการตรวจสอบการติดเชื้อไวรัสบางชนิด เช่น HIV เป็นต้น
 
 















1.การเพิ่มจำนวน DNA ที่เหมือนๆกันเรียกว่าอะไร
2.ถ้าการเพิ่มจำนวนของ DNA บริเวณดังกล่าวเป็นยีนจะเรียกว่าอะไร
3.ปฏิกิริยาในหลอดทดลองต้องใช้อะไรบ้าง

วันเสาร์ที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2555

ภาระงานที่ 3


          จากการตัดสาย DNA  ของสิ่งมีชีวิตชนิดต่างชนิดกัน จะนำมาเชื่อมต่อกันได้ด้วยเอนไซม์ DNA  ไลเกส  ซึ่งสามารถเร่งปฏิกิริยาการสร้างพันธะโคเวเลนซ์ระหว่างสองโมเลกุลของ DNA  ให้เชื่อมต่อกันได้จากการตัดและการเชื่อมต่อสาย DNA  นี้ทำให้เกิดสาย DNA  สายผสมเกิดขึ้น ดังภาพ 

          





ภาพที่ 1 เอนไซม์ตัดจำเพาะ  EcoRI
                                    ที่มา:http://www.il.mahidol.ac.th/e-media/dna/chapter/chapter4application.htm

        เอ็นไซม์ตัดจำเพาะ” (Restriction Enzymes) ในช่วงปี 1950 – 1960

ยุคนี้นักวิทยาศาสตร์หลายคนได้ค้นพบ “เอ็นไซม์ตัดจำเพาะ” (restriction enzymes) ซึ่งเป็นกรรไกรธรรมชาติที่ทำหน้าที่จดจำลำดับ DNA เฉพาะ และเมื่อเจอดีเอ็นเอเป้าหมายก็สามารถตัดออกจากตำแหน่งที่ต้องการให้ขาดออกเป็น 2 ท่อนได้ โดยเซลล์สร้างขึ้นเพื่อกำจัดแบคทีเรีย และมนุษย์ก็นำมาใช้ประโยชน์ในด้านชีวะโมเลกุล โดยใช้ตัด เคลื่อนย้าย และต่อยีนเข้าด้วยกัน






ภาพที่ 2  เอนไซม์ตัดจำเพาะ  EcoRI
ที่มา:http://gene-idea.exteen.com/20090107/restriction-enzymes
เป็นกลุ่มของเอนไซม์ที่กระตุ้นการเปลี่ยนแปลงทางเคมีที่แยกหรือระบุลำดับดีเอ็นเอเฉพาะ และเมื่อเจอดีเอ็นเอเป้าหมาย
ก็สามารถตัดออกจากตำแหน่งที่ต้องการให้ขาดออกเป็น 2 ท่อนได้ ซึ่งเป็นลักษณะการตัดต่อยีน(Genetic Engineering)

ภาพที่ 3 เอนไซม์ตัดจำเพาะ  EcoRI
ที่มา:http://www.myfirstbrain.com/student_view.aspx?ID=49973






 




1.การตัดสาย DNA ของสิ่งมีชีวิตต่างชนิดกัน จะนำมาเชื่อมต่อกันได้ด้วยเอนไซม์อะไร
2.สามารถเร่งปฏิกิริยาโดยการสร้างพันธะอะไร
3.การตัดและการเชื่อมต่อสาย DNA ทำให้เกิดสายอะไร





 

วันพุธที่ 18 กรกฎาคม พ.ศ. 2555

ภาระงานที่ 2



เอนไซม์ตัดจำเพาะ

          เอนไซม์ตัดจำเพาะค้นพบเป็นครั้งแรกโดย  แฮมิลตัน  สมิธ (Hamilton  Smith) และคณะ แห่งสถาบันแพทย์ศาสตร์จอห์น ฮอปกินส์ สหรัฐอเมริกา  ในปี พ.ศ.2513 และต่อมาได้มีการค้นพบเอนไซม์ที่มีลักษณะเช่นนี้  แต่ตัดจำเพาะในตำแหน่งลำดับเบสต่างออกไปจนถึงปัจจุบันนี้มีการค้นพบเอนไซม์ตัดจำเพาะมากกว่า 1,200 ชนิด ตัวอย่างต่อไปนี้

          จุลินทรีที่เป็นแหล่งผลิตเอนไซม์ Bacillus amyloliquefaceinsH มีชื่อเอนไซม์ย่อว่า BamHIลำดับเบสตัดที่ตำแหน่ง G กับ Gจากทิศทาง 5 ´ไป ได้ผลผลิตจาการตัดเอนไซม์ดังนี้
5'…G-G-A-T-C-C…3'

5'…G

G-A-T-C-C…3'

และลำดับเบสตัดที่ตำแหน่ง G กับ Gจากทิศทาง 3 ´ไป ได้ผลผลิตจาการตัดเอนไซม์ดังนี้
3'…C-C-T-A-G-G…5'

3'…C-C-T-A-G

G…5'


 ●จุลินทรีที่เป็นแหล่งผลิตเอนไซม์ Escherichia coliRY 13มีชื่อเอนไซม์ย่อว่า EcoRI
ลำดับเบสตัดที่ตำแหน่ง G กับ Aจากทิศทาง 5' ไป 3 'ได้ผลผลิตจาการตัดเอนไซม์ดังนี้

5'…G-A-A-T-T-C…3'

5'…G

A-A-T-T-C…3'
                                                          



และลำดับเบสตัดที่ตำแหน่ง G กับ Aจากทิศทาง 3' ไป 5 'ได้ผลผลิตจาการตัดเอนไซม์ดังนี้

3´…C-T-T-A-A-G…5´

3´…C-T-T-A-A

G…5´

จุลินทรีที่เป็นแหล่งผลิตเอนไซม์ Haemophilus aegyptiusมีชื่อเอนไซม์ย่อว่า HaeIII
ลำดับเบสตัดที่ตำแหน่ง G กับ Cจากทิศทาง 5 ´ไป ได้ผลผลิตจาการตัดเอนไซม์ดังนี้
5´…G-G-C-C…3´

5´…G-G

C-C…3´


และลำดับเบสตัดที่ตำแหน่ง G กับ Cจากทิศทาง 3 ´ไป ได้ผลผลิตจาการตัดเอนไซม์ดังนี้
3´…C-C-G-G…5´

3´…C-C

G-G…5´



จุลินทรีที่เป็นแหล่งผลิตเอนไซม์Hemophilus influenza Rdมีชื่อเอนไซม์ย่อว่าHind III
ลำดับเบสตัดที่ตำแหน่ง A กับ A จากทิศทาง 5 ´ไป ได้ผลผลิตจาการตัดเอนไซม์ดังนี้

5´…A-A-G-C-T-T…3´

5´…A

A-G-C-T-T…3´

ลำดับเบสตัดที่ตำแหน่ง A กับ A จากทิศทาง 3 ´ไป ได้ผลผลิตจาการตัดเอนไซม์ดังนี้
3´…T-T-C-G-A-A…5´

3´…T-T-C-G-A

A-…5´




จุลินทรีที่เป็นแหล่งผลิตเอนไซม์Streptomyces albus มีชื่อเอนไซม์ย่อว่า SalI
ลำดับเบสตัดที่ตำแหน่ง Gกับ T จากทิศทาง 5 ´ไป ได้ผลผลิตจาการตัดเอนไซม์ดังนี้
5´…G-T-C-G-A-C…3´

5´…G

T-C-G-A-C…3´

ลำดับเบสตัดที่ตำแหน่ง Gกับ T จากทิศทาง 3 ´ไป ได้ผลผลิตจาการตัดเอนไซม์ดังนี้
3´…C-A-G-C-T-G…5´

3´…C-A-G-C-T

G…5´




                   จากตารางจะเห็นว่าเอนไซม์ที่ตัดจำเพาะแต่ละชนิดมีบริเวณลำดับเบสจำเพาะ และจุดตัดจำเพาะที่แตกต่างกัน ตัวอย่างเช่น เอนไซม์ EcoRI จะมีลำดับเบสจำเพาะในการตัดจะมีจำนวน 6 คู่เบส ในขณะที่ HeaIII จะใช้เพียงสี่คู่เบส  จุดตัดจำเพาะที่เกิดขึ้น จะได้สาย DNA หลังจากถูกตัดแล้วใน 2 รูปแบบ เช่นในกรณีของการตัดด้วยเอนไซม์ Eco RI  จุดตัดจำเพาะจะอยู่ระหว่างเบส G และ A ซึ่งหลังจากการตัดจะทำให้ได้ปลายสายเดี่ยวทั้ง 2 ปลาย ที่รอยตัดของสาย DNA ซึ่งมีนิวคลีโอไทด์สายเดี่ยวยื่นออกมา เรียกปลายสาย DNA ที่เกิดขึ้นเช่นนี้ว่าปลายเหนียว (sticky end)” แต่ในกรณีของ HeaIII จุดตัดจำเพาะอยู่ระหว่าง G








คำถามสำหรับเรื่องนี้นะค่ะ

1.    เอนไซม์ตัดจำเพาะค้นพบเป็นครั้งแรกโดยใคร
2.    การค้นพบเอนไซม์ตัดจำเพาะมากกว่ากี่ชนิด
3.   เอนไซม์ที่ตัดจำเพาะแต่ละชนิดมีบริเวณลำดับเบสจำเพาะ และจุดตัดจำเพาะที่แตกต่างกัน     หรือไม่